1940年（昭和16年）に岐阜高等農林学校（各務原市那加門前町）に獣医学科が設置され、翌1941年（昭和17年）に附属施設として家畜病院が設置されました。これが 岐阜大学動物病院の始まりです。

その後、1944年に学校名が岐阜農林専門学校に改称され、戦後の1949年（昭和24年）に岐阜大学が設置され、動物病院も岐阜大学農学部附属家畜病院となりました。

1981年に臨床繁殖科が増え、内科、外科と合わせて3診療科となりました。1982年（昭和57年）に岐阜大学が移転したことに伴って、動物病院も現在地（岐阜市柳戸）に移転しました。診療部門の面積は約480で、その後20年間はほぼ同じ体制で経過しましたが、2003年（平成15年）に獣医寄生虫病学、獣医臨床放射線学、獣医分子病態学の3研究室が新設され、6名の臨床教員が増員されました。これに伴い、これまであった内科、外科、臨床繁殖科に加えて寄生虫病科、臨床放射線科、腫瘍科が新設されました。

また、2004年（平成16年）に岐阜大学農学部が応用生物科学部に改称され、農学部附属家畜病院も応用生物科学部附属動物病院と改称されました。この年、CT棟（47）を増築し、初の大型診療機器としてマルチスライスCT装置を導入しました。

さらに2006年（平成18年）には外科手術棟260を増築しました。このような教員の増加と高度医療設備の導入によって、さらに岐阜、愛知、三重など地域の獣医師会との連携を強化したことによって、中核動物医療施設として認知されることとなり、病院の診療件数はここ数年で大幅に増加しました。その結果、既存施設の狭隘な環境では診療に支障が出るようになり、また地域の開業獣医師や伴侶動物のオーナーからは、より高度で先進的な機能を備えた新病院を求める声が高まってまいりました。加えて獣医学の教育・研究施設として、より充実した臨床教育・研究を実践できる施設が必要になりました。

このため2007年（平成19年）から大学本部と動物病院の将来構想について協議を行い、2010年（平成22年）4月に新病棟（鉄筋コンクリート造2階建　912）とリニアック棟（193）を竣工するに至り、国立大学では初めてとなる高エネルギー型放射線治療器を導入しました。また、引き続き本館の改修と外科手術棟の入院棟への改築工事を行い、すべての事業を2010年9月に完了しております。